Sungai Kelantan adalah satu sungai utama utama di Kelantan, Malaysia. Kawasan takungannya seluas kira-kira 11,900 km² di timur laut Malaysia termasuk sebahagian daripada Taman Negara, dan mengalir ke arah Laut China Selatan. Taburan hujan di kawasan ini adalah di antara 0 mm semasa musim kemarau (Mac-Mei) hingga 1750 mm semasa musim tengkujuh (November-Januari). Purata hakisan daripada kawasan ini adalah 500 m³/s.
Anak-anak sungai ini bermula di pergunungan berhutan di mana ramai suku kaum Orang Asli menduduk. Kawasan ini dikenali kerana batu kapurnya menyingkap dan menggua. Di sepanjang Sungai Nenggeri beberapa bahagian sistem gua menunjukkan bukti kediaman berterusan dari 9000 tahun lalu, seperti Gua Cha berdekatan Kuala Betis.
Di hilir, kampung Melayu menitik tebing sungai yang mealui antara dataran banjir terpadat di Semenanjung Tanah Melayu di mana Sawah padi menghasilkan lebih kurang 12% Penghasilan padi Malaysia.
Sungai ini melalui empat bandar penting: Pasir Mas, Tanah Merah, Kuala Krai dan ibu negeri Kota Bharu, yang terletak di muara sungai. Menuju ke muara terdapat beberapa pulau di sungai.
Kawasan muara sebenar, dikenali sebagai Kuala Besar, bertitik dengan perkampungan perikanan yang indah, yang juga dikenali kerana penghasilan batik (a local patterned material produced by waxing and dyeing cloth) yang menyebabkan Negeri Kelantan terkenal.
Pada 4 November 2009, bacaan di Sungai Kelantan di Tualang, Gua Musang pada pukul 2.30 petang berada pada paras 28.29 meter iaitu melebihi paras waspada 27 meter manakala paras bahaya sungai itu ialah 35 meter.
Bacaan sungai di Tangga Krai, Kuala Krai pada paras 20.38 meter (waspada 20 meter/bahaya 25 meter) dan di Kusial, Tanah Merah pula bacaan di sungai itu ialah 12.16 meter (waspada 12 meter/bahaya 16 meter). Oleh itu Jabatan Pengairan dan Saliran Kelantan mengingatkan penduduk di tebingan sungai supaya bersiap sedia.
